Les livres numériques de Pretnumerique sont disponibles en deux formats: EPUB et PDF. Le format EPUB est très flexible, et permet entre autres de modifier certains aspects de la mise en page d'un livre, comme la taille ou la couleur des caractères. Le format PDF est pour sa part plus statique: la mise en page et la taille des caractères sont fixes. Cette restriction rend la lecture de livres numériques en format PDF sur une liseuse difficile, voire impossible.